La Bujinkan es un sistema compuesto por nueve escuelas tradicionales de Artes Marciales Japonesas. Su principal enseñanza es la violencia debe ser evitada. Kumogakure Ryu Ninjutsu, fundada en el Siglo XVI, se caracteriza por los saltos en el combate y el uso de golpes y bloqueos dobles. Gyokushin Ryu Ninjutsu, utiliza proyecciones y se concentra sobre el aspecto estratégico y táctico. Gyokko Ryu K
osshijutsu, fundada en el Siglo XII, se caracteriza por uso de distancias largas, luxaciones, proyecciones y golpeo a músculos. Koto Ryu Koppojutsu, fundada en el Siglo XVI, utiliza las distancias cortas. Métodos directos y cortos de golpeo sobre las articulaciones. Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu, fundada en el siglo XVII, utiliza técnicas de luxaciones, proyecciones, reducciones, controles, estrangulaciones y golpeo a puntos vitales. Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu, fundada en el Siglo XII. Una de las caraterísticas es el reconocimiento de la Naturaleza como forma defensiva. Kukishinden Ryu Happo Hikenjutsu, fundada en el Siglo XII. Se caracteriza por el uso de la armadura y el estudio de diversos utensilios tradicionales como bastones, espadas, lanzas, etc...
Gikan Ryu Koppojutsu, fundada en el Siglo XVI. Se caracteriza por el uso de patadas, ataques de puño y proyecciones. La base del entrenamiento es el taijutsu (arte del cuerpo) y se compone de métodos de lucha con o sin armas, que busca el manejo del cuerpo entero, como un todo. Los métodos sin armas se clasifican en tres categorías: dakentaijutsu (formas de golpe), jūtaijutsu (formas de combate suaves o de luxación), y taihenjutsu (habilidades en el movimiento del cuerpo). Gran parte del taijutsu básico que se enseña a los principiantes viene de seis de los linajes de la Bujinkan, generalmente Kotō-ryū, Gyokko-ryū, Shinden Fudō-ryū, Takagi Yōshin-ryū, Kuki Shinden-ryū, y Togakure-ryū. Los linajes de Kumogakure-Ryu, Gyokushin-Ryu, y Gikan-Ryu son poco conocidos, pero Hatsumi Sensei continúa enseñándolos en Japón. El currículum de la Bujinkan cubre la enseñanza en el uso de varias armas: espadas (katana, wakizashi, kodachi, shoto, tanto, tachi, o-dachi, daisho, etcétera), bastones de varias longitudes (bō, jō, hanbō), cuerda (Sageo), kusari-fundo (cadena con pesos en los extremos), yari (lanza), tessen (abanico), naginata (albarda japonesa), bisento, kyoketsu shoge, kunai, jutte y también varios tipos diferentes de shuriken (bo-shuriken, senban shuriken), entre muchas otras. Las armas se clasifican en cuatro clases primarias: bastones, armas de hoja/espadas, cuerdas/cadenas, y proyectiles.
