Fue fundado el 1 de agosto de 1954 por medio de la fusión entre dos clubes integrados principalmente por jóvenes estudiantes: el "Club Atlético Charrúa" y "La Esquinita Football Club". El nombre del nuevo equipo fue inspirado por un antiguo club Huracán de principios de siglo XX, y los colores adoptados para la nueva institución fueron los del Club Nacional de Football del cual varios de sus funda
dores eran simpatizantes. Luego de competir en ligas barriales, el club se afilia a la A.U.F. en 1962, militando desde entonces siempre en divisionales de ascenso. Sus puntos más altos fueron el Torneo de primera B en 1984 obteniendo el Vice-campeonato y el de 1991 cuando llegó a la última fecha en la primera posición, igualado con River Plate. Sin embargo, en el último partido cayó en su casa 4:0 con Liverpool, mientras que River ganó en La Paz frente al Oriental, logrando el ascenso a Primera División el conjunto darsenero. En el año 2010 logra el torneo de la Segunda División Amateur (tercera categoría) y regresa a la Segunda División Profesional. En esa temporada, Huracán finaliza en 9º posición entre 12 participantes. Finalizado el torneo, en una asamblea celebrada el 14 de mayo de 2011, se aprueba por unanimidad la fusión con el Club Atlético Torque, originando una nueva institución llamada Huracán Torque. Esta fusión duró hasta los primeros días de agosto de ese mismo año, por lo que nunca compitió oficialmente con esta denominación.
