2004 yılında UEFA Kupası'nda mücadele eden takım İsviçre'nin Basel takımını deplasmanda 2-1 mağlup etmiş, deplasman golü kuralıyla elenmiştir. 2008-2009 sezonuda Bank Asya 1. Lig'de de başarısız bir sezon geçiren Malatyaspor, bu sezon TFF 3. Lig'de mücadele edip 1. Grubu sonuncu bitirerek amatör lige düştü. Malatyaspor Türkiye 1. Ligi'nde (Süper Lig'de) hiç şampiyon olamamış fakat 1 defa 3.'lük,
1 defa da 5.'lik kazanmıştır. Sezon Sıra Puan
1984-85 14 31 Puan
1985-86 13 32 Puan
1986-87 06 39 Puan
1987-88 03 62 Puan
1988-89 12 43 Puan
1989-90 14 44 Puan
2001-02 13 40 Puan
2002-03 05 52 Puan
2003-04 08 45 Puan
2004-05 11 43 Puan
2005-06 16 36 Puan
Türkiye Kupası Sezon Derece Rakip
1986-87 Yarı Final Gençlerbirliği
1987-88 5.Tur Uşakspor
1988-89 Yarı Final Fenerbahçe
1989-90 Çeyrek Final Boluspor
1991-92 1.Tur Elazığspor
1996-97 3..Tur Erzincanspor
1997-98 2.Tur Batman Petrolspor
1998-99 2.Tur Şanlıurfaspor
1999-00 2.Tur Elazığspor
2001-02 1.Tur Şanlıurfaspor
2002-03 Yarı Final Trabzonspor
2003-04 3.Tur Gençlerbirliği
2004-05 3.Tur Trabzonspor
2005-06 Çeyrek Final Gaziantepspor
2006-07 1.Tur Elazığspor
2007-08 1.Tur Şanlıurfaspor
Avrupa Kupalarındaki Mücadeleleri Balkan Kupası Sezon Rakip Sonuç
1988-89 OFI Crete 2-3 Elendi
UEFA Kupası Sezon Rakip Sonuç
2002-03 FC Basel 2-0 ve 0-2(uz.1-2)
Malatyaspor ve İlkler Malatyaspor Türkiye 2. Lig'ini Namağlup bitirip 1. Lige yükselen ilk takımdır. (1983-84)
Malatyaspor 4 Büyükler denen Fenerbahçe SK, Beşiktaş JK, Galatasaray SK ve Trabzonspor'un dördünü birden aynı sezonda yenen ilk takımdır. Lig tarihinde, şampiyonluk yaşamış 4 büyük takım Beşiktaş, Fenerbahçe, Galatasaray ve Trabzonspor'u, aynı sezonda yenebilen sadece 2 ekip bulunuyor. 1987-88 sezonunda Malatyaspor, kendi sahasında Galatasaray'ı 3-1, Beşiktaş'ı 5-3, Fenerbahçe'yi 1-0, deplasmanda da Trabzonspor'u 3-2 yendi. 2001-02 sezonunda ise Ankaragücü, kendi evinde Galatasaray ile Fenerbahçe'yi 2-1, Trabzonspor'u 4-2 yenerken, Beşiktaş'ı İstanbul'da 2-1 mağlup etti. Malatyaspor Doğu Anadolu Bölgesi'nden 1. Ligde en çok oynayan ve UEFA Kupası ile Balkan Kupası'na katılan İlk ve tek takımdır. Malatyaspor 1987-1988 sezonunda Oktay Çevik, Feridun Özütok, Levent Numanoğlu, Zeynel Limoncu, Yaşar Duran, Ünal Karaman ve Feyzullah Küçük'lü kadrosuyla en iyi sezonunu geçirmiş ve ligin ilk yarısını üçüncü sırada bitirmiştir. sırada bitirmeyi başarmıştır. Malatyaspor Brezilya Milli Takımı forması giymiş 3 oyuncuyu aynı anda getirtebilmiş ilk Türk futbol takımıdır: Eder, Carlos, Serginho
Malatyaspor'un 1989-90 sezonunda 44 puanla ve şikeyle ligden düştüğü mahkeme sonucu ile sabit olarak ortaya çıkmış ilk Türk futbol takımıdır. Adanademirspor - Boluspor maçında şike yapılarak Malatyaspor'un küme düşmesinin sağlandığı belgelenmiştir. Fakat zamanın tahkim kurulunun tekrar 1. lige dönmesi kararına rağmen devletimizin bu konuda yasal düzenlemeleri ve yaptırımları tam olarak uygulamamasından ve zamanın federasyon başkanı Şenez Erzik'in keyfi uygulaması sonucu 2. ligde oynamak zorunda bırakılmıştır. Malatyaspor Lig şampiyonluğu Kupa şampiyonluğu gibi gözle görülür elle tutulur medyatik başarılar elde edememesine rağmen geçen sezon Manisa'da 3,000 taraftarla, Olimpiyat Stadı'nda 20 bine yakın taraftarla, Adana'da 5,000 civarında taraftarla ve 2001'de Antalya'da 10 bin taraftarla maça çıkabilen sayılı Türk takımlarındandır. Türkiye'ye ilk Brezilyalı futbolcu getiren futbol takımıdır.
