สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี เริ่มต้นมาจากการต่อยอดให้นักเตะเยาวชนสายเลือดสุพรรณฯ ที่สามารถคว้าแชมป์การแข่งขันกีฬาเยาวชนแห่งชาติ ครั้งที่ 12 จังหวัดกำแพงเพชร ในปี 2539 ที่ประกอบด้วยผู้เล่นมากความสามารถอีกมากมายที่ล้วนแต่เป็นชาวสุพรรณโดยกำเนิด อาทิ คำภีร์ ปิ่นฑะกูล, กฤษณะ ภูผา, สถาพร วาจาขำ (ปัจจุบันรับบทบาทผู้ช่วยโค้ชให้กับทีมสุพรรณบุรี เอฟซี) ทำให้ ฯพณฯ บรรหาร ศิลปอาชา ที่ขณะนั้นดำรงตำแหน่งนายกสม
าคมกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี มอบหมายให้ นายเกรียง นักพาณิชย์ ต่อยอดความสำเร็จและเริ่มก่อตั้งสโมสรขึ้นในปี 2540 เพื่อให้เด็กชุดนี้มีเวทีสำหรับพัฒนาฝีเท้าและได้ลงทำการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ประเภท ง โดยใช้สิทธิ์ของ สมาคมกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี ลงทำการแข่งขัน และใช้ชื่อทีมว่า “สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี” มีสัญลักษณ์เป็นรูปประตูเมือง ตรงกลางเป็นรูปลูกบอลและมีแผนที่จังหวัดสุพรรณบุรี อยู่ด้านใน สีประจำทีมคือ สีส้มและสีกรม และได้รับฉายานามว่า "ทีมขุนแผนสุพรรณฯ" ซึ่งในขณะนั้นมี อาจารย์ชนะ ยอดปรางค์ เป็นผู้ฝึกสอนของทีม
ต่อมาในปี 2542 สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี ได้เข้าร่วมลีกฟุตบอลอาชีพนำร่องของสมาคมกีฬาแห่งประเทศไทยหรือที่เรียกกันว่า “โปรลีก” สำหรับผลงานใน 2 ฤดูกาลแรกของการแข่งขันฟุตบอลโปรวินเชียลลีก (2542/43, 2544) สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี จบฤดูกาลในฐานะรองแชมป์ ทั้ง 2 ฤดูกาล ก่อนที่จะกลับมาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมในฤดูกาลที่ 3 ของการจัดตั้งโปรวินเชียลลีก ด้วยการคว้าแชมป์โปรลีกในปี 2545
ในการแข่งขันโปรลีก 2546 สโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรี ได้ปรับเปลี่ยนชื่อตามนโยบายของฝ่ายจัดการแข่งขันโดยใช้ชื่อทีมว่า สุพรรณบุรี วอร์ริเออร์ และจบฤดูกาลในฐานะรองแชมป์ โดยการลงเล่นภายใต้ชื่อ สุพรรณบุรี วอร์ริเออร์ นั้นสามารถ สุพรรณบุรี สามารถกลับมาคว้าแชมป์ได้อีกครั้งในปี 2547 และรองแชมป์ในปี 2548 ทำให้ได้สิทธิ์ลงเล่นในศึก ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ลีกสูงสุดของประเทศ ในปี 2549 โดยสถิติในการลงเล่นในรายการโปรวินเชียลลีกของสโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรีนั้น คว้าแชมป์ถึง 2 ครั้ง และรองแชมป์ 4 ครั้ง
โดยการลงเล่นบนลีกสูงสุดของประเทศครั้งแรกของ สุพรรณบุรี ในฐานะทีมจากภูธรได้ปรับเปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการอีกครั้ง โดยใช้ชื่อในการลงแข่งขันว่า “สุพรรณบุรี เอฟซี” และได้รับฉายานามว่า “ช้างศึกยุทธหัตถี” และตลอดช่วงเวลาที่ผ่านมานั้น สโมสรแห่งนี้เป็นทีมที่สร้างนักกีฬาฝีเท้าดีมากมาย เข้าสู่ตลาดไทยลีก หรือแม้แต่ทีมชาติ นักเตะที่โด่งดังจากทีมจังหวัดสุพรรณบุรี เช่น ประเสริฐ ช้างมูล, มานิตย์ น้อยเวช, เบคเค่นบาวน์ เสืออินทร์ ฯลฯ
ในช่วงที่กำลังจะเริ่มต้นฤดูกาลใหม่ 2554 นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรีคนที่ 21 ของประเทศไทย ได้ตอบรับเทียบเชิญจาก นายกบุญชู จันทร์สุวรรณ เข้ามาทำทีมด้วยตนเองในตำแหน่งประธานที่ปรึกษาของสโมสร และมอบหมายให้บุตรชาย "ท็อป" ส.ส. วราวุธ ศิลปอาชา เข้ามาเป็นประธานสโมสรฟุตบอลสุพรรณบุรีเอฟซี โดยมี นายกบุญชู จันทร์สุวรรณ นายก อบจ.สุพรรณบุรี เป็นประธานสโมสรกิตติมศักดิ์ และใช้สนามกีฬากลางจังหวัดสุพรรณบุรีเป็นสนามเหย้า แทนสนามเดิมคือโรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี
ด้วยความพร้อมในการทำทีมอย่างจริงจัง ประกอบกับวิสัยทัศน์ที่ต้องการสร้างทีมฟุตบอลอาชีพ โดยมีเป้าหมายเพื่อผลักดันทีมให้ขึ้นสู่ไทยพรีเมียร์ลีกให้ได้ภายใน 2 ปี ของ วราวุธ ศิลปอาชา มีการทุ่มเททั้งกำลังคนและงบประมาณอย่างเต็มที่ เพื่อทวงความยิ่งใหญ่ในการเป็นสโมสรฟุตบอลที่มีผลงานอยู่ในระดับแนวหน้าของประเทศ ซึ่งถือเป็นอีกหนึ่งของความภาคภูมิใจของชาวสุพรรณบุรี กลับคืนมา
