Fundado en el año 1996 como equipo representativo de la Universidad César Vallejo, realizó su primera participación en el campeonato de la tercera división trujillana a fines de 1996 e inicios de 1997, donde el equipo logró coronarse campeón del torneo. En el año 1998 se coronó campeón de la segunda de Trujillo y ganó el privilegio de participar, a los dos años de fundación, en primera división. V
allejo participó por primera vez en el torneo de primera división en el año 1999. Los Poetas, cumplieron un destacada actuación y ocuparon el tercer puesto del torneo. En su segundo año en primera, Vallejo se ganó el respeto de los grandes equipos de la ciudad de Trujillo, como el Carlos A. Mannucci, Universidad Privada Antenor Orrego, Alfonso Ugarte de Chiclín, Carlos Tenaud, entre otros. Para sorpresa de muchos llegó a luchar el título con la Universidad Privada Antenor Orrego y logró el subcampeonato. En su campaña 2001 llegó a ser campeón Distrital, Provincial y Departamental. En la etapa regional de la Copa Perú, se enfrentó a los tradicionales Universidad Técnica de Cajamarca y José Gálvez de Chimbote a quienes derrotó. Luego, en los encuentros por la etapa nacional dejó en el camino al Atlético Grau y en la gran final los Poetas cayeron por penales y Coronel Bolognesi FC se llevó el título de la Copa Perú. Al año siguiente volvería a repetir una gran campaña pero esta vez en la etapa nacional Atlético Grau lo dejaría en el camino. En el 2003 logró el ansiado título y su ingreso al fútbol de primera división peruano luego de enfrentar a rivales de diferentes regiones del país y vencer en la gran final al Deportivo Educación de Abancay en el Estadio Nacional. Militó durante dos años en la Primera División del Perú, hasta que perdió la categoría en el Campeonato Descentralizado 2005. Estuvo dos temporadas en Segunda División hasta que consiguió el ansiado regreso a la máxima división de honor tras coronarse campeón del 20071 luego de superar a equipos como Universidad San Marcos, Hijos de Acosvinchos, Universidad Técnica de Cajamarca y Atlético Minero. En el 2009 finalizó sexto en la tabla general del Campeonato Descentralizado, clasificando por primera vez a un torneo internacional: la Copa Sudamericana 2010. En el 2010 finalizó quinto en la tabla general del Campeonato Descentralizado, clasificando por segunda vez a un torneo internacional: la Copa Sudamericana 2011. En el 2011 el club tuvo una pobre campaña que casi lo lleva a la Segunda División, salvandose en la ultima fecha con una victoria 1-0 como local frente a Juan Aurich. En el 2012 se finaliza tercero en la tabla general del Campeonato Descentralizado; siendo la mejor campaña en la historia de la institución poeta, obteniendo así el derecho de participar en la Copa Libertadores de América en el 2013. En el 2013 volvió a clasificar a la Copa Sudamericana.
