El Club Túpac Amaru fue fundado el 11 de febrero del año 2000, siendo la primera institución deportiva del Perú creada para la práctica del Futsal. Los gestores del "Túpac" fueron todos los clubes deportivos de la Urbanización Túpac Amaru del distrito de San Luis, en Lima, Perú, quienes se unieron para la organización del tradicional campeonato de fulbito en la zona de parqueo conocida como EMADI,
realizado el año 2000. Para tal fin se crea la Asociación Deportiva de Túpac Amaru (ADTA). Y precisamente en el 2000, Christian Pardo, iniciador de la ADTA, estableció contacto con la Federación Internacional de Fútbol Sala - FIFUSA, ente rector mundial del Futsal (ese mismo año es absorbida por la FIFA), incluso un representante de ellos conoció el EMADI y vio que era factible jugar Futsal en un campo de Fulbito, mientras que la Federación Peruana de Fútbol (FPF) iniciaba sus actividades en esta nueva disciplina a través de su recién creada Comisión de Nacional de Futsal (CNFS). Ese mismo año la CNFS nos invita a participar en Primera Clínica Internacional de Futsal, la misma tuvo como expositores a Vander Iacovino y Luis Roberto Vieira, Director Técnico y Preparado Físico de la Selección de Brasil, campeón sudamericano y mundial, respectivamente. Desde la Asociación Deportiva de Túpac Amaru se envió, tanto al IPD como a la FPF, un plan desarrollo de esta nueva disciplina que concebía la creación de un sistema de nacional de Futsal, el cual entre otras cosas, planteaba se permita competir en los torneos de Futsal auspiciados por la FPF a los clubes barriales y también a los clubes profesionales de fútbol. También se propuso la firma de un convenio con las empresas que fabricaban pelotas. Luego de una serie de gestiones ante la F.P.F. el 2003 se recibió la invitación de la CNFS para participar en el Torneo de Ascenso del mismo año. Se compitió como Club Túpac Amaru, siendo su presidente Christian Pardo, teniendo entre sus jugadores a los más importantes “fulbiteros” de la urbanización Túpac Amaru y zonas aledañas. En dicho campeonato se ocupó el tercer lugar logrando de esa forma subir a la División Superior (hoy Futsal Pro: Primera División). Tuvimos al inicio, el 2003, como DT al profesor Nicolás Nieri, continuando la campaña Eduardo Melgar “Manteca”, siguiéndola Olienka Salinas (primera mujer DT de futsal del Perú y quizás del mundo), hasta el 2004. Alonso Rey condujo a los "Reds de San Luis" los años 2005 y 2006. El 2003 se reconoce a la Liga de Futsal de San Luis, habiéndose disputado previamente un torneo de futsal en el EMADI y ya como Liga en el Local Comunal de la Urbanización Túpac Amaru. Desde que inició su participación en la máxima división tuvo memorables partidos contra Universitario de Deportes o Sporting Cristal o nuestros clásicos rivales Kansas o La Sonora. El Club Túpac Amaru logró el tercer lugar de la División de Superior (hoy Futsal Pro: Primera División) del 2004, un tercer puesto en el Apertura 2005, tercer lugar de la División de Superior (hoy Futsal Pro: Primera División) y el subcampeonato nacional en febrero de 2006, luego de un desastroso arbitraje. El “Túpac” se coronó Campeón en el Torneo Internacional de Futsal “Copa Integración" en Guayaquil – Ecuador el 2005, siendo felicitado por el Congreso de la República del Perú el 16 de marzo de 2006. También fue invitado al Sudamericano de Clubes de Futsal de la CONMEBOL (hoy Copa Libertadores) en Colombia el 2006, pero por una “mala jugada” de la CNFS – FPF no pudo asistir. La presencia del “Túpac” en estos torneos permitió que se masifique y consolide, en el Perú, en uno solo el sistema (Futsal – FIFA) y que asista público a los partidos, antes que fueran trasmitidos por TV. Según el reporte del Cable Mágico Deportes - CMD (hoy Movistar Deportes) cada vez que jugaba el “Túpac” se llenaba el Coliseo de la FIA – USMP y “daba rating”. Tal furor causó este deporte en el distrito de San Luis, en Lima, que varios clubes se animaron a participar en torneos de la CNFS – FPF. Prácticamente somos locales (La FPF esta en San Luis y colinda con la Urbanización Túpac Amaru). Asimismo ha sido cantera de las principales figuras del futsal peruano actual. También tuvo al “Internacional Juvenil” como club filial en División de Ascenso (Hoy Segunda División) habiendo quedado el 2005 el tercer puesto. Aunque parezca increíble el "Túpac" sigue en la espera, desde el 2007, del fallo de la Comisión de Justicia de la F.P.F. para retornar a la máxima división del futsal peruano.