El equipo nació cuando el recién ascendido y campeón de la Tercera División de México, Poblado Miguel Alemán FC, no tuvo la aprobación de parte de la Federación Mexicana de Fútbol para participar en la Comisaría Miguel Alemán, pequeña localidad ubicada en la zona rural del municipio de Hermosillo que no contaba con los requerimientos mínimos de infraestructura, hotelería, transporte, etc. Fue así
como para el torneo Apertura 2013 nació el Club Cimarrones de Sonora, ya que la franquicia del equipo Miguel Alemán FC pertenecía a empresarios y patronatos de origen hermosillense, por lo cual fue la opción más viable la mudanza del equipo a la ciudad de Hermosillo.
