Įgyvendinus Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2009-12-23 nutarimą Nr. 1800 „Dėl Vilniaus universiteto Ekologijos instituto, Geologijos ir geografijos instituto ir Botanikos instituto reorganizavimo“, Vilniaus universiteto Ekologijos institutas, Geologijos ir geografijos institutas ir Botanikos institutas sujungimo būdu reorganizuoti į Valstybinį mokslinių tyrimų institutą – Gamtos tyrimų centrą (to
liau – Centras). Centre vykdomi moksliniai tyrimai, užtikrinantys šalies kompetenciją darnaus vystymosi ir tarptautinių įsipareigojimų vykdymo klausimais, koordinuojama ilgalaikė gyvosios ir negyvosios gamtos mokslinių tyrimų veikla pagal Lietuvos Respublikos Vyriausybės patvirtintas mokslinių tyrimų kryptis, dalyvaujama studijų procese, teikiamos paslaugos verslui ir ūkio subjektams. Centro veiklos sritis – biomedicininių ir fizinių mokslų sričių moksliniai tyrimai ir eksperimentinė plėtra. Centro veiklos rūšys – gamtos mokslų ir inžinerijos moksliniai tyrimai ir taikomoji veikla bei su ja susijusi mokslinė, techninė, profesinė ir kita veikla pagrindinei veiklai užtikrinti ir vykdyti. Lietuvos Respublikos Vyriausybės patvirtintos Centro mokslinės veiklos kryptys:
Aplinkos kokybės būklės, gamtinių ekosistemų, buveinių, rūšių, bendrijų, populiacijų struktūros, funkcionavimo, jautrumo, pažeidžiamumo, genetinės įvairovės, adaptacijų, mikroevoliucijos globalios kaitos ir antropogeninio poveikio sąlygomis dėsningumų ir mechanizmų tyrimai, teorinių pagrindų kūrimas ir prognozė;
Lietuvos gamtos ir biologijos išteklių būklės, kaitos tyrimai ir prognozė, išsaugojimo, atkūrimo ir tvaraus naudojimo mokslinis pagrindimas;
Žemės gelmių ir paviršiaus sandaros, savybių, susidarymo, paleogeografinių ir paleoekologinių sąlygų raidos, požeminio ir paviršinio vandens sistemų, kraštovaizdžio ir geoaplinkos būklės, kaitos ir sąveikos su žmogaus veikla tyrimai, Lietuvos teritorijos ir gelmių išteklių tvaraus naudojimo mokslinis pagrindimas. Centro Botanikos institutas – didžiausia botanikos mokslo institucija Lietuvoje, atliekanti fundamentinius ir taikomuosius botanikos, mikologijos, bakteriologijos ir virusologijos mokslo tyrimus, rengianti mokslininkus ir aukštos kvalifikacijos specialistus. Centro Ekologijos institutas – pagrindinė Lietuvos ekologijos mokslo įstaiga, atliekanti tarptautinio lygio gyvūnų ekologijos, zoologijos, gyvūnų fiziologijos, genetikos, etologijos, mikrobiologijos ir parazitologijos mokslinius tyrimus bei rengianti mokslininkus. Centro Geologijos ir geografijos institutas – pagrindinė mokslinius geologinius ir geografinius tyrimus Lietuvoje atliekanti organizacija, nagrinėjanti įvairias stratigrafijas, paleontologijos, tektonikos, mineralogijos, paleogeografijos, geochemijos, hidrogeologijos, gamtinių geografinių ir geologinių procesų ir kraštovaizdžio funkcionavimo, Lietuvos visuomenės teritorinės sandaros, racionalaus gamtinės aplinkos naudojimo ir apsaugos problemas, rengianti aukštos kvalifikacijos mokslininkus.
