Il sodalizio si costituisce nel novembre 1993 per volere di un gruppo di amici, alcuni di loro docenti di Educazione Fisica ed altri con il preciso scopo dell'attività sportiva promozionale con la pallavolo un mezzo di formazione dei minori, inizialmente residenti, nella zona di espansione della nostra comunità cittadina. L´inizio non è stato agevole alla luce della sempre atavica carenza di strutture adibite allo sport per la nostra comunità minore. L´entusiasmo è stato il collante che ha sempre contraddistinto le squadre che l´associazione è riuscita "a costruire" molto spesso superando con impegno e abnegazione le difficoltà e conseguendo risultati molto spesso esaltanti. Possiamo dire che le squadre Pegaso sono state più volte protagoniste, anche se non sempre fortunate, delle finali provinciali giovanili avendo sfiorato più volte il podio più alto. Per quanto riguarda i campionati di serie, invece, ha militato per cinque anni in quelli provinciali, per sei anni in quelli regionali conseguendo per due volte il risultato del quinto posto in serie C regionale, solo ed esclusivamente con atlete formatesi nei propri vivai punto di forza di tutte l´attività dell´associazione. Sin dalla costituzione, come si è già evidenziato, l´attività giovanile è stata la fucina di intere generazioni di atlete che hanno fatto un percorso educativo e formativo avente come mezzo lo sport. La bontà di questa attività è stata suggellata dalla continua convocazione delle nostre atlete nelle selezioni provinciali e regionali per citarne qualcuna: Francesca Morolla, Marina Tangari e le sorelle Pappagallo ed in ultimo Marilena Fracchiolla. Al fine di coinvolgere il maggior numero di atlete l´associazione ha sempre attivato le affiliazioni agli enti di promozione sportiva come il Centro Sportivo Italiano comitato di Molfetta e negli ultimi anni anche all´Associazione Nazionale San Paolo Italia comitato di Molfetta e in quest´ultimo ci ha visti vincitori per la categoria "Seniores" femminile nel 2002 e 2^classificata alla categoria "Speranza" nell´anno 2007 alla Festa Nazionale"Gioca con il Sorriso"di Bellaria Igea Marina. La peculiarità della nostra associazione è che tutte coloro che vogliono fare sport con la pallavolo da noi sono sempre ben accette, in quanto non è possibile che un adulto possa precludere tale possibilità ad una persona desiderosa di fare movimento. Nella stagione sportiva 2007/2008 la società riparte dalla 2^ Divisione, ricoprendo tutti i campionati giovanili Under 18, 16, 14 e 13. Nella stagione successiva la squadra maggiore disputa il campionato provinciale di 1^ Divisione e nella stagione 2010/2011 approda al campionato regionale di Serie D, conquistando meritatamente la permanenza. Nella stagione 2011/2012 la squadra maggiore ha ottenuto la promozione dalla Serie D alla Serie C vincendo il girone play.off. Nella scorsa stagione ha sfiorato la permanenza nella massima serie regionale, arrendendosi solo ai play-out
Nell'estate del 2013 ci sono state importanti novità nel riassetto societario, con l'incarico di presidente affidato a Saverio Digioia, già allenatore del settore giovanile e della formazione che ha militato in Serie C. Si è deciso nella stagione in corso di ripartire dal campionato provinciale di I Divisione, e di potenziare e valorizzare le categorie giovanili under 16 e under 14 sicuri di un immediato ritorno nelle categorie che competono alla storia della società. Nell'estate del 2019 viene eletta Presidente Pasqua Corrieri, continuando il percorso puntando sempre nel settore giovanile fiore all'occhiello della Pegaso, partecipando a tutti i campionati in essere, con la permanenza nel campionato di serie C . Purtroppo tutti i campionati a febbraio 2020 vengono bloccati per la pandemia del Covid-19. Per la stagione 2020/21 pur con la consapevolezza di un ulteriore stop causa covid-19, la Pegaso trova un accordo con la squadra femminile del Giovinazzo per un progetto comune "PROGETTO Gio.Mol." per disputare un campionato di serie C, con l'intento di far crescere e far fare esperienza a molte giovani dei due vivai, con l'ausilio di qualche veterana della categoria. Ma ancora una volta causa covid vengono bloccati tutti i campionati che la Pegaso si apprestava a disputare dall'Under 12 fino alla Prima Divisione. Solo a Febbraio si riparte con il campionato stravolto della serie C, mentre per gli altri campionati questa volta sono le atlete stesse a rinunciare alla partecipazione.
