Il 09/03/1923 in una sala del Caffè Adriatico, 13 soci fondarono l'Associazione sportiva Pro Gorizia. Il suo primo presidente fu Atto Retti Mariani e la sede venne posta in Corso Verdi 24/111. Il 20/05/1923 l'Associazione inaugurò il proprio campo sportivo in Villa Lantieri che divenne successivamente lo Stadio Littorio ed, infine lo stadio Baiamonti. Al momento della costituzione, la Pro Gorizia
venne accolta nel campionato di Terza serie, chiamato anche Prima Divisione, nel quale militò fino alla stagione 1934/35. Nel 1935/36 la Serie C sostituì la Terza serie e la Pro Gorizia vi rimase fino alla stagione 1942/43, anno in cui venne centrata la promozione in serie B. Il presidente che guidò la Pro Gorizia in serie B fu Aldo Paolo Tacchini, il quale rimase in carica fino al 1972; in quel campionato tra i giocatori della squadra c'era Enzo Bearzot futuro tecnico della nazionale campione del mondo nel 1982. Nel Gennaio 1972 venne inaugurato lo Stadio della Campagnuzza che divenne (ed è tuttora) il nuovo terreno di gioco della squadra che militò nei campionati di serie D, poi diventata Interregionale e serie C; la squadra della stagione 1983/84 poteva vantare tra le sue fila come allenatore Edoardo Reja e come giocatore Luigi Del Neri. Nel 1987 iniziò la presidenza di Giancarlo Pozzo, che rilevò la Pro Gorizia che si trovava in difficoltà economiche, dandole nuovo impulso e vigore; una squadra quella allenata da Luigi Del Neri alla prima esperienza da tecnico, che sfidava in Interregionale compagini storiche come Mantova, Cittadella, Venezia, ecc. Seguirono poi periodi di alternanza tra vari presidenti, che riuscirono a mantenere sempre la Pro Gorizia in Interregionale, con solo due brevi parentesi di una stagione in Eccellenza. In quel periodo nella stagione 1994/1995, in Interregionale avvenne lo storico derby con la Triestina appena fallita per la prima volta. La società venne salvata per volontà di un gruppo di appassionati sotto la spinta di Don Sergio Ambrosi, i quali attraverso l'aiuto delle istituzioni e di alcuni imprenditori locali, ottennero di mantenere l'affiliazione per meriti sportivi e iscrivere la squadra al campionato di eccellenza regionale. Nel 2005 subentrò poi alla presidenza l'imprenditore Manganelli, che mantenne la carica fino al 2008. Sotto la sua gestione venne ricreato un settore giovanile e ridata stabilità economica, nonostante tutto la squadra nel 2006 retrocesse nel campionato di Promozione. A partire dal 2008 la società passò nelle mani di Paolo Bressan. Durante il primo anno di gestione venne sfiorata la promozione in Eccellenza, ma gli anni successivi seguirono una salvezza miracolosa all'ultima giornata, e la clamorosa retrocessione in prima categoria nel 2011. Dopo due buoni campionati di prima categoria, in cui in particolare nella stagione 2012/2013 vennero sfiorati i play-off, seguì un'altra retrocessione, questa volta in seconda categoria dopo il play out con il Ponziana. Da questo che rappresenta il punto più basso toccato è iniziata la risalita con la promozione nella stagione 2014/2015 dalla seconda alla prima categoria condita da tanti record e lo storico bis l'anno successivo con il salto dalla prima categoria alla promozione. Promozione ritrovata con una nuova società, lascia il presidente Bressan, al suo posto prima Claudio Tomani e poi Giulio Mosetti. La stagione si chiude al quinto posto ad un passo dai play-off ma togliendosi alcune soddisfazioni come la vittoria nel derby cittadino per 4 a 1 con la Juventina. La stagione successiva, 2017/2018, è trionfale con la Pro Gorizia che vince il campionato di Promozione e la supercoppa regionale arrivando inoltre in finale di Coppa Italia. Le successive stagioni vedono la squadra protagonista in Eccellenza, con una partecipazione nel 2020/2021 al campionato misto Friuli-Veneto organizzato a seguito dell'emergenza sanitaria.
