A Budapesti Honvéd Sport Egyesület vízilabda szakosztálya 1950-ben alakult. Alapításában olyan
kiváló vízilabdázók vettek részt, mint például Brandi Jenő, aki az 1936-os berlini olimpián aranyérmet szerzett a vízilabda válogatott tagjaként. Első sikerét 1953-ban érte el, amikor megnyerte a Magyar Kupát. 1990-ig szépen szerepeltek a mieink, hatszor végzett a Honvéd az első helyen a Magyar Kupában,
ám a bajnokságban nem sikerült a csúcsra érni, holott legtöbbször az élvonalba tartozott az együttes.
1990-ben aztán beköszöntött egy sötétebb korszak, az anyaegyesület az egyéni sportágat helyezte előtérbe, így megszűnt a vízilabda szakosztály.
1998-ban azonban a Bp. Spartacus csapatával fúzionálva újra elindult a csapat a magyar bajnokságban, ahol azonnal a 3. helyen végzett, sőt, a Magyar Kupát is elhódította.
2000-ben több fiatal tehetséggel kiegészülve már bajnokesélyesként indult a honi pontvadászatban és ehhez mérten meg is nyerték azt az akkoriban egyeduralkodónak számító BVSC ellen.
2006-ig zsinórban hatszor nyert a klub magyar bajnokságot, akkori főszponzorunknak köszönhetően volt olyan év, amikor nyolc olimpiai bajnok pólós erősítette csapatunkat. A legsikeresebb évben, 2004-ben a magyar bajnoki cím mellé a legerősebb nemzetközi kupa-sorozatban, az Euroligában (mai nevén Bajnokok Ligája) is csúcsra ért a csapat, valamint a LEN Kupa-győztes ellen vívott Európai Szuperkupa mérkőzésen is a mieink diadalmaskodtak.
2008-ban edző- és koncepcióváltás történt a Honvédnál, Vad Lajos irányításával egy fiatalítási hullám indult el, ami a mai napig jól látszik az együttesen, hiszen a magyar bajnokság egyik, ha nem a legfiatalabb átlagéletkorú csapatáról van szó, ahol számos utánpótlás válogatott játszik.
