No, konstituirajuća Skupština održana je tek 30. kolovoza 1933. godine na kojoj je za prvog predsjednika izabran dr. Martin Čičin-Šain. Veliki problem predstavljalo im je i nepostojanje adekvatnog igrališta. Najidealniji uvjeti za izgradnju novog igrališta bili su u Crnici, pored tvornice La Dalmatienne. Svečano otvorenje igrališta obavljeno je 31. svibnja 1936. godine kada je i održan turnir na k
ojem su, uz domaći Šibenik, sudjelovali Osvit, Split i AŠK iz Splita. Nekako u isto vrijeme osnovan je i Osvit - prvi registrirani klub u Šibeniku (osnovan 29. veljače 1933. godine u prostorijama hotela Krka). Za prvog predsjednika izabran je dr. Marko Grdović. Najveći problem predstavljalo je nepostojanje igrališta, no, i to je ubrzo riješeno. Izgrađen je stadion na Šubićevcu čije je svečano otvorenje uveličao Hajduk. Gosti su uvjerljivo s 10:2 nadvisili domaći Osvit. Osvit je brzo napredovao te je postigao niz značajnijih uspjeha u susretima s manjim i većim klubovima u Dalmaciji. JRSK Šibenik 1935. godine postaje član splitskog nogometnog podsaveza. Osim nogometa, u okviru radničkog društva djelovale su i esperanto i šahovska sekcija, rukometna i boksačka sekcija, plivačka i atletska sekcija, …
Krajem 1939. godine Osvit proživljava krizu, te se fuzionira s novoosnovanim klubom Hajduk (14. travnja 1940. Odlučeno je i da se Osvit ubuduće zove Građanski, a za njegova predsjednika izabran je Anton Antić. No, već 1941. vraćen je stari naziv Osvit. Radnički sportski klub Šibenik raspušten je 28. prosinca 1940., na iznenađenje brojnih članova društva i brojnih simpatizerima. Iako je bilo pokušaja da društvo nastavi s radom, ti pokušaji nisu urodili plodom. A pored Šibenika, u Hrvatskoj je zabranom i progonom zahvaćeno oko 30 radničko-sportskih društava. Oslobođenjem domovine stvorene su velike mogućnosti za razvoj svih sportova, samim time i nogometa. Krajem 1944. godine pokreće se akcija za osnivanje fiskulturnog društva na tradicijama radničkog sportskog kolektiva – RSD Šibenik. Ubrzo se to i ostvarilo, a temelje novog društva činili su uglavnom juniori i pomladak predratnog društva i mjesnog rivala Osvita. FD Šibenik 1946. godine prvi put sudjeluje u jednom prvenstvenom sportskom natjecanju, a već iduće godine osvaja naslov prvaka Dalmacije. Igrao je Šibenik i u Drugoj saveznoj ligi, republičkoj i međurepubličkoj ligi, Hrvatsko-slovenskoj ligi, jedinstvenoj drugoj ligi, …
Godine 1950. rasformiralo se fiskulturno društvo Šibenik i osnovao se samostalan nogometni klub pod nazivom Šibenik. Stadion na kojem je Šibenik igrao svoje utakmice otvoren je 1. svibnja 1948., a nosio je ime narodnog heroja Rade Končara (do 1992). U sezoni 1950./'51. Šibenik je osvojio prvo mjesto u republičkoj ligi, a dres Šibenika tada su nosili: Gaščić, Batinica, Tambača, Blažević. Erak, Tedling, Marenci, Bego, Đurić, … Iduće sezone Šibenik je prvi put postao drugoligaš, no, već u idućoj taj je status izgubio. U sezoni 1954./'55. Šibenik je po drugi put sudjelovao u natjecanju Hrvatsko-slovenske lige. Zauzeo je 4. mjesto te je stekao pravo sudjelovanja u I. zonskoj ligi. Od sezone 1958./'59. sve do 71./'72. Šibenik se natjecao u II. Saveznoj ligi – zapad. Sezone je uvijek završavao ili pri vrhu (četvrto ili peto mjesto) ili u sredini tablice (osmo, deveto mjesto). Šibenik je 1957. godine bio i polufinalist Kupa Jugoslavije. U sezoni 1975./'76. Šibenik je bio pobjednik hrvatske lige, skupine jug. U kvalifikacijama za Drugu ligu, u dvije utakmice protiv sisačkog Metalca, nisu se uspjelu domoći Druge lige, te su ostali u hrvatskoj. Razdoblje između sezona 1975./'76. do sezone 1982./'83. jedno je od najlošijih u povijesti kluba. U jedinstvenoj jugoslavenskoj Drugoj ligi igrao je Šibenik u sezoni 1987./'88.. Dva je p**a bio na domak Prve lige, ali nije uspio. I tada je, kao i danas, direktor kluba bio prof. Marko Karađole. Godine 1992. godine preimenovan je u HNK Šibenik. Tijekom 1992. i 1993. zbog ratne opasnosti na Šubićevcu, NK Šibenik je domaće utakmice igrao na splitskom području. U 1. HNL su igrali od 1992. do sezone 2002./03., kada ispadaju u 2. HNL, a u najviši rang hrvatskog nogometa vraćaju se 2006. Uz to su imali i malo sreće jer kao prvak druge lige jug nisu trebali igrati dodatne kvalifikacije s prvakom druge lige sjever, koji nije dobio licencu za prvu ligu. U sezoni 2006/07 ostvaruju najveći dotadašnji uspjeh u povijesti, 4. mjesto u HNL. U sezoni 2009/10 ulaze u finale Hrvatskog kupa sa Hajdukom, a kao četvrtoplasirana momčad 1. HNL ostvaruju premijerni nastup u Uefinoj Europskoj ligi.
2008. godine klub je dobio Trofej podmlatka, najvišu nagradu Hrvatskog nogometnog saveza.