Ο Ναυτικός Όμιλος Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το 1931 και είναι από τα παλαιότερα ναυταθλητικά σωματεία της χώρας.
Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο του Ν.Ο.Θ. συγκροτήθηκε στις 27 Ιουνίου 1931 με την εξής σύνθεση:
Πρόεδρος : Αντώνιος Πέππας
Αντιπρόεδροι : Ειρήνη Καλλίγα & Αναστάσιος Ζαβιτσιάνος
Γεν.Γραμματέας : Ανδρέας Λόντος
Ειδ.Γραμματέας : Οδυσσέας Καμτζίκης
Ταμίας : Ευμένης Παπάζογλου
Έφορος : Αντώνιος Λεμπέσης
Σύμβουλοι : Μικές Μαυρογορδάτος & Αθανάσιος Μπουζάνης
Στα πρώτα χρόνια το μοναδικό άθλημα με το οποίο ασχολήθηκε ήταν η κωπηλασία. Προς τα τέλη της δεκαετίας του '40 καθίσταται Πολυνίκης Όμιλος και συμμετέχει με πληρώματα του τόσο στην Ολυμπιάδα του Λονδίνου το 1948 όσον και την επόμενη του Ελσίνκι το 1952. Η ανάπτυξη του τμήματος συνεχίζεται μέχρι σήμερα με αποτέλεσμα την κατάκτηση πολλές φορές του τίτλου του Πολυνίκη Ομίλου, τη συνεχή στελέχωση της Εθνικής Ομάδας και παγκόσμιες διακρίσεις (παγκόσμιο χάλκινο μετάλλιο το 1998, παγκόσμια αργυρά μετάλλια το 2005 και 2006).
Στα μέσα της δεκαετίας του '50 ο Ν.Ο.Θ. συμπεριλαμβάνει στις ναυταθλητικές του δραστηριότητες και την ιστιοπλοΐα. Σχεδόν αμέσως διοργανώνει ιστιοπλοϊκούς αγώνες, μετέχει στα Πανελλήνια Πρωταθλήματα και σε όλες τις διασυλλογικές συναντήσεις. Ο Όμιλος γρήγορα θεωρείται ένα από τα πιο δραστήρια ιστιοπλοϊκά σωματεία με πρωταγωνιστικό ρόλο στη χώρα και όχι μόνο. Επίλεκτοι ιστιοπλόοι του εκπροσωπούν την Ελλάδα σε διεθνείς αγώνες, από το 1992 στις Ολυμπιάδες (8οι Ολυμπιονίκες το 2000 στα «470») και έχουν κατακτήσει παγκόσμιο χρυσό και αργυρό στα «470 Ανδρών» το 1995 και 2002 καθώς και το 1999 και 2000 παγκόσμιο αργυρό και χρυσό στα «FINN Νέων».
Στη δεκαετία του '70 μία ομάδα παλαιών ιστιοπλόων δίνει το ερέθισμα για τη δημιουργία τμήματος ιστιοπλοΐας ανοικτής θάλασσας, ευκαιρία ενασχόλησης με τη θάλασσα και στα μέλη μεγαλύτερης ηλικίας.
Στα τέλη της δεκαετίας του '70 ο Όμιλος θέλοντας να δώσει την ευκαιρία για άσκηση και στα υπόλοιπα μέλη του, ιδρύει τμήμα αντισφαιρισης με την κατασκευή 5 γηπέδων και καλλιεργεί μικρή αθλητική ομάδα.
Ως αθλητικό σωματείο ο Ν.Ο.Θ. διοργανώνει σε ετήσια βάση διασυλλογικούς αγώνες και αναλαμβάνει την τέλεση πρωταθλημάτων. Έχει προχωρήσει στην κήρυξη διεθνών αγώνων, οι κυριότεροι των οποίων είναι: "Διεθνείς Αγώνες Κωπηλασίας", «Κύπελλο Μεγάλου Αλεξάνδρου» (πρώην Κύπελλο Τζένης Γραμμαλίδου) για ιστιοφόρα ολυμπιακών κλάσεων, διεθνής ιστιοπλοϊκή εβδομάδα "Κύπελλο Βορείου Αιγαίου" για σκάφη ανοικτής θάλασσας.
Από το 1974 λειτουργεί ακαδημία ιστιοπλοΐας ανοικτής θάλασσας δίνοντας στους κάτοικους της Θεσσαλονίκης και της ευρύτερης περιοχής την ευκαιρία και δυνατότητα εκμάθησης και ενασχόλησης με την ιστιοπλοΐα και τη θάλασσα γενικότερα. Αρχές της δεκαετίας του '90 ξεκίνησε ακαδημία ιστιοπλοΐας για παιδιά που λειτουργεί και σαν φυτώριο του αθλητικού τμήματος.
Τα πρώτα τριάντα χρόνια ο Ν.Ο.Θ. στεγαζόταν σε ενοικιαζόμενη παραθαλάσσια οικοδομή. Το 1964 μετακόμισε στις ιδιόκτητες σημερινές εγκαταστάσεις του που περιλαμβάνουν γραφεία, εντευκτήρια αθλητών και μελών, νεώσοικους κωπηλασίας και ιστιοπλοΐας, κλειστό κωπηλατήριο, γυμναστήριο, μαρίνα για τον ελλιμενισμό των σκαφών μελών του, γήπεδα αντισφαίρισης, εστιατόριο και κυλικείο.
