Η ιστορία της ακαδημίας του Αχιλλέα ξεκίνησε στα μέσα της δεκαετίας του ογδόντα με μικρό αριθμό παιδιών και υποτυπώδεις υποδομές. Στη διάρκεια των χρόνων που ακολούθησαν οι συνθήκες βελτιώθηκαν και ο αριθμός των παιδιών αυξήθηκε. Έλαβαν μέρος σε τουρνουά στην Ουγγαρία, Βουλγαρία, Γιουγκοσλαβία τα έτη 1988 έως 1994 αποκομίζοντας σημαντικές εμπειρίες. Από το έτος 1999 οι προπονητές είναι πλέον κάτοχ
οι πτυχίων ΤΕΦΑΑ και τα τμήματα αρχίζουν να παίρνουν μέρος σε διεθνή τουρνουά στο εξωτερικό, πιο οργανωμένα πλέον με μεγαλύτερο αριθμό παιδιών και κατακτώντας σημαντικές διακρίσεις(2000 Γερμανία, 2001 Σουηδία, 2001 διεθνές τουρνουά φιλίας, 2004 Σουηδία, 2005 Φιλανδία, 2007 Ισπανία, 2008 διεθνές Κέρκυρας).
Η πείρα και το μεράκι των ανθρώπων που βρίσκονται στη διοίκηση όλα αυτά τα χρόνια, καθώς και η εμπειρία της λειτουργίας των ακαδημιών για περισσότερο από 20 χρόνια, συμβάλουν σημαντικά στην αναβάθμιση της ακαδημίας. Οι προπόνητές πλέον εργαζόμενοι επί σειρά ετών στο σύλλογο και έχοντας την πλήρη εμπιστοσύνη της διοίκησης, συμβάλουν σημαντικά στην εξέλιξη των παιδιών ως αθλητές, αλλά διαπαιδαγωγώντας ταυτόχρονα τους μικρούς ποδοσφαιριστές.
Με επιτυχία ξεκίνησαν και τη φετινή χρονιά τη λειτουργία τους οι ακαδημίες του Αχιλλέα Περαίας στις εγκαταστάσεις του δήμου Θερμαϊκού, με τις προπονήσεις να γίνονται πλέον σε δύο γήπεδα. Η φετινή χρονιά προμηνύεται ευοίωνη λόγω του αριθμού των παιδιών που συμμετέχουν στις αγωνιστικές υποχρεώσεις της ομάδος, αλλά και λόγω των πολύ καλών εγκαταστάσεων που αποκτήσαμε μετά από πολλά χρόνια. Σύσσωμο το Δ/Σ και οι προπονητές συνεργάζονται με θετική διάθεση να ξεπεραστούν τα όποια προβλήματα και να είναι ικανοποιητικά τα αποτελέσματα με γνώμονα πάντα την σωστή προπόνηση και διαπαιδαγώγηση των νεαρών αθλητών μέσα από το άθλημα του ποδοσφαίρου.
Φιλοσοφία του συλλόγου εδώ και πολλά χρόνια είναι, οι αθλητές που ξεκινούν από μικρή ηλικία να συνεχίζουν και στα τμήματα νέων αλλά και ανδρών, έτσι ώστε ο σύλλογος να συνεχίσει να είναι αυτοδύναμος και τα νέα παιδιά να απασχολούνται σε υγιείς δραστηριότητες μακριά από τις παγίδες της εποχής μας.
Οι διακρίσεις των αθλητών είναι σημαντικές και σε συλλογικό επίπεδο, αλλά και με τη συμμετοχή τους με τις μικτές ομάδες της Ε.Π.Σ.Μ. (παγκόσμιες, διεθνείς και πανελλήνιες διακρίσεις) πανελλήνιες διακρίσεις και συμμετοχή σε παγκόσμιο σχολικό πρωτάθλημα. Παρόλα αυτά πολύ περισσότερο σημαντική είναι η εμπειρία που αποκτούν τα παιδιά αγωνιζόμενα σε διεθνές επίπεδο με άλλους συνομήλικους ποδοσφαιριστές.
Αξιοσημείωτο είναι άλλωστε και το γεγονός πως στην ακαδημία του Αχιλλέα προπονούνται και παιδιά από άλλες χώρες που οι γονείς τους εργάζονται στη χώρα μας απολύτως αρμονικά με τα υπόλοιπα παιδιά, χωρίς ποτέ να έχει δημιουργηθεί το παραμικρό πρόβλημα. Με αυτό τον τρόπο επιτυγχάνεται και μία πολιτισμική επικοινωνία μεταξύ των μικρών αθλητών που σίγουρα συμβάλλει στην ψυχική και κατ' επέκταση στη σωματική ανάπτυξη των παιδιών. Δεν είναι τυχαίο το γεγονός πως τα παιδιά στο σύνολο τους εκτός από καλοί και συνεπείς αθλητές διακρίνονται και για το ήθος τους μέσα και έξω από το γήπεδο.
Στόχος του συλλόγου είναι τα παιδιά του να διαμορφωθούν αρχικά ως σωστοί άνθρωποι και στη συνέχεια ως αθλητές. Το Δ/Σ του Αχιλλέα συμπληρώνοντας τα 20 χρόνια λειτουργίας της ακαδημία του, έχοντας μεγαλύτερη εμπειρία και ένα μεγάλο αριθμό αθλητών στα τμήματα υποδομής ελπίζει το μέλλον του συλλόγου να είναι αν όχι ανάλογο, καλύτερο της μέχρι τώρα πορείας του.
