Το 1928 μαθητές του Γυμνασίου Μεγάρων ίδρυσαν μια ανεξάρτητη ποδοσφαιρική ομάδα με την ονομασία Α.Γ.Σ. ΒΥΖΑΣ ΜΕΓΑΡΩΝ, τιμώντας το Βύζαντα το Μεγαρέα, ιδρυτή του Βυζαντίου και αποικιστή του.
Τον Ιούλιο του 1930 φίλαθλοι ίδρυσαν επίσημα πια τον σύλλογο Α.Γ.Σ. ΒΥΖΑΣ ΜΕΓΑΡΩΝ με πρώτο πρόεδρο το Παναγιώτη Μπέη . Έμβλημα του συλλόγου είναι η κεφαλή του Βύζαντα και χρώματα της ομάδας το κίτρινο και το μα
ύρο, που αποτελούν τα χρώματα του Βυζαντίου.
Τα πρώτα βήματα
Ο Βύζας από την ημέρα της ίδρυσης του έδινε παιχνίδια με τις υπόλοιπες ομάδες των Μεγάρων σε τοπικά ανεξάρτητα πρωταθλήματα αλλά και με ομάδες εκτός Μεγάρων. Πρώτο παιχνίδι με ομάδα που η έδρα της βρισκόταν εκτός Μεγάρων πραγματοποιήθηκε στις 2 Νοεμβρίου 1930 με αντίπαλο τον Θρασύβουλο με αποτέλεσμα 1-3.
Μετά τον πόλεμο ο Βύζας επανιδρύεται και αρχίζει πάλι την έντονη αθλητική δραστηριότητα. Η έλλειψη γηπέδου ωστόσο, δεν επέτρεπε στο Βύζαντα να συμμετέχει σε επίσημο πρωτάθλημα και έδινε μόνο ανεπίσημους αγώνες μέχρι το 1957.
Συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Ένωσης Πειραιά
Το 1957 ο Βύζας ενοικίασε μία έκταση, τη διαμόρφωσε σε γήπεδο, την περιέφραξε και συμμετείχε για πρώτη χρονιά στο πρωτάθλημα της Ένωσης Πειραιά της περιόδου 1957-58. Στις 6 Οκτωβρίου 1957 πραγματοποιήθηκε ο πρώτος αγώνας της ομάδας στο πρωτάθλημα της Ένωσης Πειραιά με αντίπαλο τον Περαμαϊκό και νίκησε με σκορ 3-1. Ο Βύζας τερμάτισε πρώτος στον A’ όμιλο της Δ’ κατηγορίας Πειραιώς και αναδείχθηκε πρωταθλητής στην κατηγορία αυτή, μετά από μπαράζ με την πρώτη ομάδα του B’ ομίλου, τη Σπίθα Πειραιώς. (Βύζας – Σπίθα 1-0 & Σπίθα – Βύζας 3-5).
Από το 1958 έως σήμερα
Ανέβαινε συνεχώς κατηγορίες μέχρι το 1961 που κέρδισε την άνοδο στην Β΄Εθνική. Στην Β΄εθνική αγωνίστηκε μέχρι το 1965 όπου ανεβαίνει στην Α΄Εθνική. Το 1970υποβιβάζεται και κατρακυλά μέχρι το τοπικό πρωτάθλημα για να επιστρέψει πάλι το 1998 στις επαγγελματικές κατηγορίες.
Το 2002 απέφυγε την τελευταία αγωνιστική την πτώση στη Δ΄ Εθνική τερματίζοντας 14ος μαζί με τη Λάρισα. Στη Γ’ Εθνική το 2009 η ομάδα τερμάτισε δεύτερη ισοβαθμώντας με την Καλλιθέα. Την ίδια χρονιά η ομάδα ξεκίνησε στον πάγκο της με τον Νίκο Κουρμπανά και στη συνέχεια με τον Μάρκο Μαυρομάτη, ενώ στο μπαράζ ανόδου κόντρα στα Τρίκαλα (ήττα με 0-2), με προπονητή τον Δημήτρη Αρναούτη (που παραιτήθηκε από τον ΠΑΟ Ρουφ). Την επόμενη χρονιά(2010) η ομάδα τερμάτισε στην 2η θέση του Νότιου ομίλου και κέρδισε την απευθείας άνοδο στην Β’ Εθνική Κατηγορία, εφόσον δεν έγιναν τα play off ανόδου, ως η καλύτερη 2η ομάδα των δύο ομίλων. Προπονητής εκείνη την χρονιά ήταν ο Μουράτ Σεροπιάν.
Την επόμενη χρόνια στη Β Εθνική πλέον, η ομάδα με προπονητή τον Ηλία Φυντάνη αρχικά για λίγο, έπειτα τον Δημήτρη Οικονόμου και τέλος τον Παναγιώτη Τζαναβάρα κέρδισε την παραμονή στην κατηγορία 3 αγωνιστικές πριν το τέλος. Το καθοριστικό παιχνίδι ήταν στον Εύοσμο απέναντι στον Αγροτικό Αστέρα όπου ο Βύζαντας χάνοντας με 1-0 στο ημίχρονο κατάφερε να κάνει την ολική ανατροπή κερδίζοντας με 1-2 υποβιβάζοντας τον Αγροτικό Αστέρα. Αξίζει να σημειωθεί πως αν η ομάδα δεν είχε μεγάλα διοικητικά και οικονομικά προβλήματα θα είχε τερματίσει πάρα πολύ ψηλότερα καθώς διέθετε πολύ καλό ρόστερ.
Υποβιβασμός στα τοπικά πρωταθλήματα 2016
Μετά από 1 επιτυχημένη χρονιά στη Γ’ Εθνική τερματίζοντας στην 7η θέση, με ένα εκπληκτικό ρεκόρ στο 2ο γύρο, καθώς μετά τον πρωταθλητή Πανελευσινιακό, ο Βύζας ήταν η επόμενη ομάδα στη συγκομιδή βαθμών και έδειχνε να βρίσκει ξανά το δρόμο του.
Η επόμενη χρονιά όμως, 2015-2016, μετά από μια σειρά ανεπιτυχών αποτελεσμάτων, οδήγησε την ομάδα σε υποβιβασμό μετά από 12 χρόνια, στις ερασιτεχνικές κατηγορίες. Τον Ιούνιο του 2016 βγήκε νέα διοίκηση με πρόεδρο τον Λεωνίδα Νικολάου με στόχο την γρήγορη επανεκκίνηση και την γρήγορη επιστροφή του Βύζα στις επαγγελματικές κατηγορίες.
