A partir de la saison 2017-2018 le club est promu en Régional 3 en plus de subir multiples changements organisationnels. En effet, suite au dépôt de bilan du club professionnel de l'Evian Thonon Gaillard, le club de l'U.S Annemasse récupère une des entités de l'ancien club professionnel et devient alors l'U.S Annemasse-Gaillard. Un énorme changement organisationnel se fait sentir puisque 120 licenciés s'ajoutent à ceux déjà présent. Toutes les catégories de pratique sont représentées : des seniors féminins et masculins au foot d'animation en passant par la pré-formation et la formation. 35 éducateurs œuvrent quotidiennement pour développer la pratique de nos licenciés. Le projet est piloté par une équipe dirigeante, un comité directeur très motivé et des éducateurs passionnés. En 2021 fusion avec le club de FJ Ambilly . le club devient l'US Annemasse Ambilly Gaillard .
