Los inicios del Club Natación León se sitúan en el año 1966, cuando unos pocos nadadores a cargo de Francisco Rodríguez Alonso "Paco", entrenador y fundador del club, comienzan la práctica de este deporte. En aquellos primeros días solamente se entrenaba de Mayo a Septiembre en la piscina descubierta del Club Peñalba, ya que no existía una piscina cubierta en la ciudad de León. La Década de los 70
En los años 70 se traslada el lugar de entrenamiento a la piscina descubierta del Estadio Hispánico y el club cambia su nombre por el de dicha instalación. En el transcurso de esta década el club vuelva a cambiar de nombre para pasar a denominarse Hispánico OJE. Uno de los acontecimientos más importantes para este club se produce en 1975 al inaugurarse en el Estadio Hispánico la primera (y única pública hasta el año 2002) piscina cubierta de León. Esto significó un cambio sustancial en el planteamiento y objetivos del club. Se pasó a entrenar durante todo el año bajo la dirección de Julián Lanero, el cuál se mantuvo como entrenador hasta la temporada 78/79. En la temporada 79/80 se hace cargo del club durante dos temporadas Bernardo Paramio. La Década de los 80
En la temporada 81/82 se produce un nuevo cambio en la dirección del equipo al tomar las riendas Fernando Abella. Con él al frente se establecieron las actuales bases de funcionamiento y estatutos del club. Durante la temporada 82/83 se decidió cambiar el esquema de funcionamiento separando la parte deportiva de la administrativa con la creación de la primera junta directiva, siendo su presidente Gonzalo Martín. Durante los años en los que Fernando Abella entrenó al club colaboraron con él Ricardo Burballa y José Luís Fernández Calderón. En la temporada 84/85 se hace cargo del club Ángel Ildefonso Melón "Alfonso", con la colaboración de José Luis Álvarez, José Luis Fernández Baeza y José María Melón García "Chema". Con él al frente del equipo el club vivió una de sus mejores épocas logrando un segundo puesto en el campeonato de España de promoción del año 89, así como una amplia representación en los campeonatos de España. Durante las temporadas 86/87 y 87/88 la piscina del Estadio Hispánico permanece cerrada por reforma lo que obliga a trasladar los entrenamientos al Real Aeroclub de León. La Década de los 90
En la temporada 92-93 el Club Natación León pasa a ser entrenado por José Maria Melón "Chema" junto con Alfonso, Víctor Martín, Antonio Fernández yFrancisco Vega "Paco". Durante estos años el equipo cambia el esquema de sus entrenamientos. Este cambio viene propiciado tanto por el ligero aumento en el número de horas de piscina como por la adquisición de las máquinas de trabajo con las que actualmente cuenta nuestro gimnasio. Actualmente
Actualmente el Club lo entrena Miriam Sequera Caro y Cesar Cabrera Sánchez . También han colaborado durante estos años Pedro Guillermo Sánchez Sahelices, Álvaro Santos Cadenas, Diego Méndez, Miguel González Negró, César Gallego, Christian Alfayate, Beatriz González, José Luís Álvarez, Alfonso Melón, José María Melón y Jonathan Moreno Crespo. Lo mas destacado en los últimos años a sido la permanencia del Club en campeonatos de España y la asidua participación de los equipos de relevos en estos campeonatos, así como una buena clasificación en campeonatos territoriales, ligas territoriales y trofeos de distintos equipos del norte de España.;
Así como por primera vez en la Historia del Club la Selección Española Infantil de natación se fija en uno de nuestros nadadores, David Núñez Pérez, el cual participa con la Selección en la Copa Comen única competición Internacional de la categoría Infantil. En estos momentos el club cuenta con unos 150 nadadores de todas las edades y categorías, siendo uno de los clubes más importantes de la comunidad de Castilla y León.
