FC Skanderborg blev oprettet som klub på en stiftende generalforsamling i november 2005 med virkning fra 1. Klubben er blevet til gennem en fusion af Skanderborgs 2 hidtidige fodboldklubber under HI Skanderborg og Skanderborg Boldklub. Forud for oprettelsen af den nye fodboldklub har der gennem nogle år eksisteret et samarbejde mellem de 2 fodboldklubber i Skanderborg. Samarbejdet startede i 2001,
hvor der blev lavet et fælles hold på den ældste mikroputårgang (1993). I løbet af 2002 og 2003 blev samarbejdet udvidet til også at omfatte miniputdrenge og ynglingeherrer. I 2004 samarbejdede klubberne omkring alle seniorherrehold samt alle ungdomshold på drenge-/herresiden fra miniput til ynglinge. januar 2005 blev samarbejdet udvidet til også at omfatte alle pige-/damehold samt alle pode-/mikroputhold. Fusionsklubben FC Skanderborg er båret af visionen om, at fodboldtrivsel, -samvær og -udfordringer for alle (både de mindre og meget øvede) kan fungere også i Skanderborg. Benarbejdet skal i årene fremover sikre, at ungdomsfodbolden både blomstrer i bredden og giver mulighed for, at de allerbedste spilleres udfordringsniveau kan matche de fleste JBU Region 3-hold.
