Die Fachabteilung Fußball des damaligen VfL Köthen entstand aus dem bereits gegründeten Fußballverein, dessen erster Präsident der Sportfreund Walter Schlinke war. Spieler wie Dieter Baumgarten und Otto Henze waren Mitbegründer und noch lange beim VfL tätig.
1955/56 und 1976 spielten die Männermannschaften auf Bezirksebene, Mitte der 70er Jahre auch die Nachwuchsmannschaften auf Bezirksebene. Die
Knabenmannschaft wurde 1976 Bezirksmeister. Nach einigen ruhigen Jahren wurde 1990 mit dem Neuaufbau im Bereich Fußball begonnen. Der SV "Eintracht" Köthen wurde unter Mitwirkung des damaligen VfL-Präsidenten, Sportfreund Fridolin Gradzielski, gegründet. Ein weiterer, aus heutiger Sicht erfolgreicher Schritt, war der Zusammenschluss mit dem ESV Köthen. Die gemeinsame Fußballmannschaft erspielte sich eine Spitzenposition in der Kreisliga. Hinzu kamen zwei Damen und zwei Nachwuchsmannschaften. August 1995 wurde mit dem VfL Köthen ein Verein gegründet, der sich nicht nur im Bereich Fußball entwickelte. Der Verein bestand aus elf verschiedenen Fachabteilungen. Durch den Ausbau der Sportstätten wurden in sehr kurzer Zeit des Bestehens optimale Bedingungen für den Leistungs-, Schul- und Breitensport geschaffen. An dieser Stelle wären die Sportstätten "Am Jürgenweg" und "Ratswall" als Beispiele zu nennen. Ziel des VfL Köthen war es, noch intensiver als sportliche Freizeiteinrichtung und kommunikative Begegnungsstätte in Erscheinung zu treten und somit neben den angestrebten sportlichen Erfolgen auch mit zur Persönlichkeitsentwicklung, vor allem der jüngeren Bürger der Bachstadt Köthen, beizutragen. In der Saison 98/99 spielte der Verein in der Landesklasse Staffel 5 und als Highlight gewann man nicht nur am 1.11.1998 im Landespokal gegen den 1.FC Magdeburg, sondern stieg nach tollem Saisonverlauf in die Landesliga auf. Nach dem Aufstieg gelang der Durchmarsch in die Verbandsliga. Trotz vieler Abgänge spielte die Mannschaft in der Saison 2000/01 eine gute Saison. Auch die Zuschauer und die Fans des VfL kamen recht zahlreich zu den Spielen. Am Ende sprang mit dem elften Platz sogar ein gesicherter Mittelfeldrang in der Tabelle heraus. Im nächsten Jahr ging es im Verein drunter und drüber. Er steckte in einer finanziellen Krise. Sponsoren fehlten und Spielergelder konnten auch nicht mehr gezahlt werden. Der Verein wurde dann in den FC Eintracht
Köthen umbenannt um den völligen Bankrott zu verhindern. Im zweiten Jahr der Verbandsligazugehörigkeit kam dann der Absturz (Tabellenplatz 18) und der daraus resultierende Abstieg in die Landesliga.
2002/2003 spielte man in der Landesliga Mitte, jedoch ging auch dort die sportliche Talfahrt weiter, so dass man den bitteren Weg in die Landesklasse Staffel 5 antreten musste. Mit teilweise neuen Spielern, vor allem vielen Nachwuchstalenten, gelang 2003/04 der Aufstieg in die Landesliga. Die junge Truppe fuhr einen Sieg nach dem anderen ein. Zuschauer und Fans pilgerten wieder zum Jürgenweg. Am Ende erntete man die Früchte der Arbeit und stieg wieder auf. Zudem wurde noch der Kreispokal gewonnen, so dass auch endlich wieder einmal Landesligaluft geschnuppert wurde. Leider konnte die Euphorie nicht in zählbare Ergebnisse umgewandelt werden und man musste 2005 wieder zurück in die Landesklasse. In der Saison 2005/06 begann ein Umbruch in der Mannschaft, einige Leistungsträger verließen den Verein und es wurde wieder mehr auf den Nachwuchs gesetzt. Aber trotz vielversprechender Ansätze ging es noch einmal eine Etage tiefer und man musste 2006 in der Kreisoberliga spielen.
2009 musste man in der ersten gemeinsamen Saison der neuen Kreisoberliga Anhalt-Bitterfeld absteigen und spielte für ein Jahr in der Kreisliga Ost, in der man den direkten Wiederaufstieg in die Kreisoberliga schaffte. Nach 2 Jahren in der höchsten Spielklasse des Kreises musste man im Juni 2012 nach der Niederlage im Relegationsspiel gegen Brehna wieder den Gang in die Kreisliga Anhalt-Bitterfeld antreten, welcher man 3 Jahre angehörte. Erst im Jahr 2015 gelang der erneute Aufstieg in die Kreisoberliga.
