Jedna je určena převážně pro míčové hry, zatímco druhá je vybavena pro cvičení gymnastiky, úpolové sporty a florbal. Studenti cvičí jednou týdně ve dvouhodinových lekcích v nekoedukovaných skupinách v počtu 12 až 24. Pro hodiny tělesné výchovy venku využíváme nově zrekonstruovaný sportovní areál školy i rozsáhlé prostory Letenských sadů a Letenské pláně. Nárůst počtu tříd nás donutil v chladnějších měsících využívat i nedalekou halu Sparty Praha, která nám umožňuje umístění dalších cvičebních skupin. Kromě běžné výuky pořádá gymnázium týdenní lyžařské výcvikové kurzy pro žáky sekund, kvint, prvních ročníků čtyřletého studia, třetích ročníků šestiletého studia, septim a třetích ročníků čtyřletého studia v českých i rakouských horách. Pro žáky třetích ročníků a septim se pořádají ještě výběrové kurzy cyklistiky, turistiky a vodácké kurzy. Ke konci školního roku jsou pořádány sportovní dny. Naši žáci se pravidelně zúčastňují soutěží pořádaných AŠSK v těchto sportech: atletika, basketbal, florbal, volejbal, fotbal, sálová kopaná a beachvolejbal. V letošním školním roce jsou sportovní kroužky z preventivních hygienických důvodů zrušeny. Pro letošní školní rok nebyly vypsány ani žádné sportovní soutěže.
