Este club nace después del término de las actividades de un club (Carlos Navarrete) con más de 30 años de existencia. Contando con sus ramas de fútbol y básquetbol, quedando con jóvenes y niños, sin saber que hacer con su tiempo libre, corriendo así un gran riesgo social. Es así, como uno de sus socios y jugador del club, don Jorge Estrada, intenta seguir con algunas de sus actividades deportivas,
sumándose a él, don Bernardo Vásquez, decidiendo así comenzar todo de nuevo; solo con niños de 4 a 10 años, proponiéndose un trabajo a largo plazo. Comienza así el club, con un campeonato de baby-fútbol, el día 14 de julio de 1997, con más de 45 niños inscritos. Estas últimas también comenzaron con baby-fútbol y que con la ayuda de la Sra. Laura Estrada y Paola Meléndez, posteriormente comenzaron a practicar el básquetbol, sumándose así esta nueva rama. Al paso del tiempo, rápidamente se fueron integrando padres y vecinos, formándose así la primera directiva del club, todo con el objetivo de trabajar con niños y jóvenes, y aportar a alejar a estos de los males de la sociedad. Posteriormente el club adquiere su personalidad jurídica, quedándose con su antiguo nombre Carlos Navarrete, hombre ilustre de la comunidad, que nos dejó su legado de esfuerzo y lucha por los niños, al incentivarlos al desarrollo del deporte y la cultura. Sólo que para diferenciar el antiguo club, de este, que ya comenzaba a tomar forma, se acuñó el “Júnior”, quedando así como el nuevo “Carlos Navarrete Jr.”
Hoy, nuestro club se registra como Club Social, Cultural y Deportivo Carlos Navarrete Jr., fundado el 14 de julio de 1998, con Personalidad Jurídica Nº91.