A Associação Atlética São Mateus foi fundada no dia 13 de dezembro de 1963. Neste dia houve uma reunião entre as lideranças do bairro Sernamby com o intúito de iniciar a construção de um Centro Recreativo. Oito dias após essa reunião, o grupo conseguiu a doação de um terreno para essa obra, uma área de 16.046 m2, cedida pelo prefeito Otívio de Almeida Cunha que apostou também no movimento da comun
idade. A campanha teve ampla repercussão entre outras autoridades da cidade. Uma delas, o então bispo Dom José Dalvit deu sua aprovação ao movimento, colocando-se a inteira disposição da comunidade do Sernamby para ajudar no que pudesse. Com o trabalho incontestável de vários elementos do bairro e o dinamismo de Padre Antônio Pianca, o Centro Educativo e Recreativo foi inaugurado a 5 de março de 1965. As instalações do centro contavam com três salas de aula, uma sala para a escola de datilografia e um amplo salão para reuniões e festas da comunidade do Sernamby. Com o nome de Associação Atlética Paroquial e com suas camisas benzidas na Catedral de São Mateus pelo padre Antônio Pianca, o time estreou contra o Jaguaré Futebol Clube, vencendo seu adversário por 3x1. Na segunda partida, dando inicio a uma rivalidade que perdura até os atuais dias, a Associação derrotou o Leão de São Marcos, de Nova Venécia por 3x2. Contando com o inestimável apoio do padre Antônio Pianca e o trabalho de toda a comunidade, o clube seguiu sua vida e logo conseguiu sensibilizar grande número de adeptos. Os primeiros times da Associação eram formados basicamente por seminaristas da Congregação Mariana. No início a agremiação era dividida nos setores educação, dirigido por João Nardoto e futebol, quem contava com a direção de Walter. Nardoto permaneceu no cargo até 1968, cedendo seu posto para Belmiro Barvin, com José Carlos Almeida sucedendo Walter no futebol, ficando no Cargo até 1970. Concluindo a construção do muro do estádio na sua administração, sempre com o apoio do padre Antônio Pianca, Belmiro Bravin permaneceu na presidência até 1974, sendo substituído por Ebes Lima Guimarães. No ano de 1971, o clube, que até então se chamava Associação Atlética Paroquial, mudou de nome e passou a ser conhecido como Associação Atlética Desportiva, nome que foi utilizado até o ano de 1975, quando o então presidente Ebes Lima deu personalidade jurídica ao clube e realizou a fusão do Centro Recreativo à Associação, passando a se chamar Centro Educativo Recreativo Associação Atlética São Mateus. Também foi no ano de 1975 que o primeiro lance de arquibancadas foi construído no estádio, que atualmente é conhecido como arquibancada velha. Nesse mesmo ano de 1975, a Associação conquistou o 1º Campeonato do Norte do Estado, fato que o credenciou a participar do Campeonato Capixaba do ano seguinte. A final desse campeonato foi disputada no dia 31 de agosto no Estádio Joaquim Calmon em Linhares contra a Ferroviária de João Neiva. Nesse ano, o time base era formado por Mazinho, Joelson, Lesly, Gilberto, Gilson, Chicão, Ribon, Paulinho, Pavão, Pelezinho, Pelota, Sonha, Dirceu, Ariberto, Jorge e Rossi. Com a conquista desse ano, o São Mateus passou a ser conhecido como O Gigante do Norte. Também em 1975 o clube sagrou-se campeão do 1º Torneio de Verão, realizado pela extinta Liden (Liga Desportiva do Norte), em finais disputadas contra o Santos de Barra de São Francisco. No primeiro Campeonato Capixaba da 1ª Divisão que disputou, em 1976, o clube ficou em terceiro colocado, sendo eliminado nas semi-finais pelo Rio Branco-RJ. Neste campeonato o clube conquistou o troféu de Campeão Estadual do Interior. No ano de 1979, a diretoria do clube decidiu voltar a disputar torneios amadores, por serem mais rentáveis. Nesse período o São Mateus foi tri-campeão do Campeonato Estadual de Amadores (1984, 1985 e 1986) e bi-campeão do Campeonato do Norte Capixaba (1984 e 1985). Nessa época, a diretoria do então presidente José Geraldo de Andrade entrou com uma ação na justiça reivindicando a posse do estádio. A justiça entendeu que era correta a reivindicação e a posse do estádio foi dada ao clube por usucapião. Devido as conquistas no cenário amador e ao temor à camisa alvi-anil que os adversários tinham, em 1987 o clube voltou ao cenário profissional, sendo o campeão da primeira edição do Campeonato Capixaba da Série B, retornando assim a Série A em 1988. No ano de 1994, a Associação foi Vice-campeã Capixaba, após a Desportiva Ferroviária conquistar ambos os turnos da competição. No ano de 1995, a Associação disputou o seu primeiro campeonato nacional, o Campeonato Brasileiro da Série C, vaga conquistada com o vice-capixaba do ano anterior. Nessa competição, a Associação foi a 89º colocada no geral, com quatro pontos conquistados, decorrentes de quatro empates. Em 1999, disputou sua primeira Copa Centro-Oeste, aplicando a maior goleada da competição naquele ano, 8x0 em cima do Ivinhema-MS. Nesta competição, a Assossiação também teve a defesa menos vazada, com apenas 2 gols sofridos, terminando em 6º lugar. 3
No ano de 2000, o clube realizou uma grande façanha, ao ser terceiro colocado Copa Centro-Oeste, após empatar, nas semi-finais, em ambos os jogos por 1x1 com o Vila Nova-GO, que conquistou a vaga por ter melhor campanha que a Associação. Vale ressaltar também que o São Mateus classificou-se às semi-finais como primeiro do seu grupo (grupo B). Em 2008 o clube sagrou-se campeão Capixaba da Série B. Nas semi-finais o São Mateus enfrentou a equipe do Vitória, empatando por 2x2 o primeiro jogo em Bento Ferreira e goleando por 3x0 no segundo dentro do Sernamby, garantindo assim vaga naSérie A de 2009. Nas finais encarou o GEL, que havia derrotado a badalada equipe do Estrela do Norte. O primeiro jogo, no município da Serra, terminou em 2x2. No jogo de volta, em São Mateus, a equipe alvi-anil saiu na frente do marcador, deixando o GEL virar para 2x1, placar que persistia até 37 minutos do segundo tempo, quando o xodó da torcida mateense, Ferrugem, empatou o jogo com um chute de fora da área. O resultado, que se manteve até o fim da partida, deu o título ao São Mateus, por ter feito melhor campanha que o GEL. Em 2009 a Associação realizou uma das melhores campanhas da história do Campeonato Capixaba, classificando em primeiro lugar para as semi-finais na penúltima rodada, enfrentando assim o Vilavelhense, sendo derrotado no Salvador Costa por 1x0 e vencendo no Sernamby por 2x0, classificando-se assim às Finais do certame estadual. Nas Finais, o São Mateus enfrentou a segunda melhor equipe da competição, o Rio Branco, sagrando-se campeão dentro do Sernamby
Em 2010, a equipe disputou sua primeira Copa do Brasil, contra o Remo, do Pará, sendo eliminada na primeira fase, ao ser derrotada por 2 a 1 e 4 a 1. No ano de 2011, a equipe conquistou pela segunda vez o título de Campeão Capixaba, levando para o Sernamby o Troféu Durval Soares e tendo Vevé como técnico novamente. As finais foram realizada no Estádio Justiniano de Melo e Silva em Colatina. No primeiro jogo o placar foi de 1x1 , mas na segunda partida o São Mateus venceu a equipe do Linhares por 2x0, sagrando-se campeã.
