Nos anos 80 Naviraí tinha como maior destaque no futebol o extinto time da Sociedade Esportiva Naviraiense (fundado no dia 11 de novembro de 1983) que atingiu seu apogeu quando foi campeão estadual de futebol profissional em 1987. Dívidas e falta de apoio empresarial faliram o clube anos depois, no fim de 2003. Dois anos depois, em 25 de novembro de 2005, é fundado o Clube Esportivo Naviraiense, q
ue tem em seu currículo desportivo dois títulos estadual da Série B em 2007 e 2021, um da Série A em 2009. Foi o único representante do estado no Campeonato Brasileiro da Série D em 2009, sendo eliminado na primeira fase. Em 2010, disputou pela primeira vez a Copa do Brasil, enfrentando a equipe do Santos de São Paulo. A equipe segurou o Peixe até o final da partida, mas perdeu o primeiro jogo por 1 a 0 no estádio Morenão, na capital Campo Grande (o estádio Virotão não estava em condições de receber a partida), mas no segundo confronto foi dominado pelo Santos, e acabou eliminado com uma goleada de 10 a 0 na Vila Belmiro, com grande atuação de Neymar. Em 2011, o clube voltou a disputar a Copa do Brasil, e o adversário foi outra equipe paulista, o Santo André. O primeiro confronto aconteceu no Virotão, no dia 16 de fevereiro de 2011, onde o Naviraiense perdeu novamente por pequena margem, desta vez um 2 a 1 a favor do Ramalhão. No jogo da volta, que aconteceu no estádio Bruno José Daniel, a partida terminou em 1 a 0 para o Santo André, sendo assim a equipe sul-mato-grossense eliminada novamente na primeira fase da competição. No campeonato sul-mato-grossense de 2012, o clube chegou até a final, mas após um empate por um gol em Naviraí e outro empate, sem gols, no estádio Ninho da Águia, em Rio Brilhante, o Naviraiense conseguiu a segunda colocação no campeonato. Pelo Campeonato sul-mato-grossense de 2013, o clube fez uma boa primeira fase e classificou na segunda colocação e veio a enfrentar o Novoperário pelas quartas-de-finais da competição. Nas semifinais a equipe venceu fora de casa a equipe do Itaporã pelo placar de 1 a 0, no jogo de volta foi derrotado por 2 a 1, mas garantiu sua quarta final de estadual por ter feito melhor campanha na primeira fase. Após chegar a final, o clube enfrentou o CENE e acabou derrotado nos dois jogos, 2 a 1 e 4 a 0, respectivamente, ficando novamente com o vice-campeonato. Na Copa do Brasil de 2013 o Naviraiense realizou sua melhor performance em competições nacionais, quando eliminou a Portuguesa no Canindé em São Paulo, após empate em 0 a 0 no Estádio Virotão em Naviraí e 1 a 1 na capital paulista.[10] Na fase seguinte enfrentou o paraense Paysandu, onde veio a perder por 1 a 0 no Mato Grosso do Sul, mas conseguiu reverter o placar no Estádio da Curuzu em Belém-PA por 2 a 0, com gols de Pequi e Adriano Chuva, frente a mais de 20 mil espectadores alvi-celestes que aplaudiram a dedicação e empenho dos jogadores do Naviraiense. Na terceira fase o adversário seria o Atlético-PR, no entanto o jacaré foi denunciado pelo STJD pela escalação irregular de dois atletas que atuaram no jogo de volta da segunda fase com seus contratos vencidos. Nos três primeiros julgamentos realizados pelo 3ª Comitê Disciplinar do STJD, o tricolor foi absolvido das acusações de forma unânime pelos juízes, no último e decisivo julgamento realizado pelo Pleno em Fortaleza-CE o Paysandu reverteu a situação e conseguiu se classificar com 8 votos a 1, acabando com a euforia e alegria dos torcedores do jacaré do conesul. Pelo estadual sul-mato-grossense de futebol de 2014, repleto de reforços e do técnico multi-campeão Valter Ferreira, o Naviraiense se remodelou para galgar ao seu segundo título estadual. Na primeira fase realizou sua melhor campanha da história onde obteve a primeira colocação geral dos grupos. Nas quartas-de-finais empatou duas vezes com a equipe do três-lagoense do Misto em 1 a 1 e 2 a 2, respectivamente e garantiu sua sexta semifinal consecutiva em nove anos de existência. Nas semifinais foi derrotado pelo CENE por 1 a 0 e 3 a 2 e deu adeus ao sonho da conquista do título em 2014. Na Copa do Brasil com o time esfacelado e com o técnico Paulo Resende contratado as pressas para suprir a saída de Valter, a equipe foi goleada pelo Avaí-SC por 4 a 1, com bela atuação do meia Marquinhos e de Cléber Santana e se despediu de forma precoce da competição. Em dezembro de 2017, o Naviraiense oficializou o licenciamento das competições profissionais da FFMS.
