Em sua história, o Linhares Futebol Clube, fundado no dia 16 de agosto de 2001, esteve muito ligado às categorias de base, com jogadores jovens sendo revelados e posteriormente encaminhados para grandes clubes do Brasil e agremiações do exterior. Essa importância dada aos talentos mirins deve-se ao fato de que o time nasceu de uma escolinha de futebol, a Escolinha de Futebol Companhia de Craques,
fundada por Adauto Menegussi. O ex-jogador, empresário e atual presidente do Linhares, Adauto Menegussi, sempre esteve ligado ao futebol. e presidente (Linhares F.C.), conseguiu por meio de seus contatos (por ter feito mestrado na Europa conheceu diversas pessoas influentes no futebol), de seu espírito empreendedor e da ajuda de patrocinadores, transformar em 2001 a pequena escolinha em um clube registrado na Federação Capixaba de Futebol, na CBF e na Fifa. Em 2004, a história profissional da equipe do interior do Espírito Santo ganhou um capítulo importante, já que nesse ano o time disputou pela primeira vez a segunda divisão do Campeonato Capixaba, vestindo um uniforme verde claro com faixas negras na lateral, homenageando as cores da escolinha que o originou. Em 2005, o presidente mudou as cores para azul e branco, simbolizando a bandeira da cidade. Com o novo uniforme, o Linhares conquistou a vaga para a elite do futebol capixaba, batendo o Rio Branco na final. Durante sua primeira temporada entre os grandes do estado, a agremiação participou da final do primeiro turno, porém foi derrotada pelo Estrela do Norte por 2 a 1 nas duas partidas decisivas. Já no segundo turno ficou atrás do Jaguaré na fase de grupos e não conseguiu classificar-se para a disputa do título. Contudo, o ano seguinte trouxe a glória para a cidade de Linhares. Com uma fraca campanha no primeiro turno, terminando em último no Grupo A, vencido pelo Jaguaré, o ano parecia perdido e o rebaixamento iminente. Entretanto, com uma grande reviravolta, o clube faturou returno, batendo a Colatinense. Na grande final, decidida em duas partidas, ganhou do Jaguaré em casa por 1 a 0 com um gol de Diego e empatou por 0 a 0 na partida de volta, conquistando o primeiro título de expressão. Na Serie C de 2007, disputou a 2° fase, clubes como o Tradicional Bahia estava entre os confrontos e na Copa do Brasil de 2008 disputou com o Juventude R/S. Com uma curta, porém vitoriosa história de vida, o Linhares Futebol Clube vem conquistando novos fãs e ocupando com honra o lugar nos corações dos habitantes da cidade, antes ocupado pelo Linhares Esporte Clube, extinto clube vitorioso na década de 90, , apesar da semelhança nos nomes, o nascimento de uma agremiação nada tem a ver com a falência da outra.
