Seu primeiro presidente foi Orlando Matos, o qual permaneceu no cargo até março do ano seguinte, quando o comando para Antônio Carlos de Paula Silveira Melo. O atual presidente é Wilson de Souza Castilho. Em sua participação na primeira edição do Campeonato Tocantinense, em 1993, terminou na sexta colocação. Em 1995, foi vice-campeão nas duas competições do futebol tocantinense: o Estadual e a Copa Tocantins. A campanha proporcionou a participação do Gurupi pela primeira vez em uma competição nacional, o Campeonato Brasileiro da Série C, quando terminou na quinquagésima colocação entre 107 clubes participantes. Na segunda fase, o Gurupi acabou sendo eliminado pelo Guará. Em 1996, conquistou seu primeiro título estadual, após vencer o Kaburé na cobrança de penalidades por 6 a 5. No ano seguinte, o clube obteve o bicampeonato, desta vez batendo o Interporto na final. Em 2003 e em 2008, foi vice-campeão tocantinense, perdendo os títulos para o Palmas e para o Tocantins. O tricampeonato foi alcançado em 2010. Na primeira partida da decisão contra o Araguaína, o Gurupi conheceu sua única derrota em toda a competição, perdendo pelo placar mínimo. Na partida de volta, porém, venceu por 3 a 1 e garantiu seu terceiro título, além da inédita participação na Copa do Brasil do ano seguinte. Na Copa do Brasil, em sua primeira participação foi eliminado pelo Paraná, ao empatar em 1 a 1 em casa e perder por 3 a 0 em Curitiba. Em 2011, é novamente campeão do estadual, batendo o Interporto na final. Em 2012 conquista o tricampeonato consecutivo do estadual vencendo o Tocantinópolis na final. No começo de 2013 a equipe ameaçou desistir do campeonato estadual por falta de verba da cidade. Mesmo com a falta de verba a equipe decidiu participar do torneio. Em 2016 a equipe venceu o Tocantins de Miracema de Virada e conquistou o 6º título. Com o título o Gurupi se tornou o maior vencedor do estado superando o Palmas.
