A equipe foi fundada por imigrantes, especialmente nortistas, nordestinos e mineiros, que viam no clube a única possibilidade de lazer em Diadema. Aos poucos o clube foi subindo no futebol amador regional, principalmente a partir de 2000. Com as conquistas, a torcida foi crescendo, e hoje estima-se que gire em torno de 10.000 pessoas. O Esporte Clube Água Santa já teve vestindo sua camisa verdadei
ros ícones do futebol brasileiro como Claudecir, Zinho Capixaba, Capitão, Dinei e mais importante ainda, já formou, mesmo não tendo a classificação de Clube formador vários atletas em suas fileiras de base como Lelê hoje no Fortaleza, Romarinho no F.C. Porto, Fernando no Internacional de Porto Alegre, Neilton no Santos e Fábio Ferreira no Botafogo. Em sua primeira participação em um campeonato profissional, o Campeonato Paulista da Segunda Divisão de 2013, alcança o seu objetivo que é o acesso. Na 1ª fase termina como líder do Grupo 8, avançando à 2ª fase caindo no Grupo 13, terminando também em 1º lugar no grupo. Na 3ª fase não é diferente e mais uma vez o clube termina líder, dessa vez no Grupo 16. Na 4ª fase o Água Santa lidera seu grupo conquistando o acesso e uma vaga na final contra a Matonense, vencendo o primeiro jogo por 5 a 2, mas perdendo o segundo duelo por 4 a 0, ficando com o vice campeonato. Em 2014 o Água Santa disputa a Série A3 e conquista o acesso para a Série A2 após a vitória contra o São José dos Campos por 1 a 0, em São José dos Campos. Na Série A2 O time de Diadema, já estava quase certo na elite antes da última rodada, jogou pelo regulamento e perdeu por 1 a 0 para o Velo Clube, em Rio Claro. Desta forma, terminou a A2 na quarta posição, com a mesma pontuação, mas oito gols a mais de saldo que o Mirassol. Será a primeira vez que o Água Santa participará da Série A1 do Paulistão.
