Fundada em 1985, a Aparecidense profissionalizou-se em 1992, quando disputou pela primeira vez um torneio profissional de futebol: a série B do Campeonato Goiano. Três anos depois, o Camaleão sagrou-se vice-campeão da Segundona do Goianão e conquistou a inédita vaga na elite do futebol goiano. Após sete anos de muito esforço e superação, a Aparecidense voltar a ganhar destaque no cenário de futebo
l goiano com a conquista do Goianão de 2002, pela série C; o seu primeiro título. Desde então, o Camaleão vem se consolidando como equipe forte e competitiva, tanto em esfera estadual como nacional. Em seu histórico, a Aparecidense conta com duas participações na série D do Campeonato Brasileiro: a primeira em 2012, e outra em 2013. Em 2014, a equipe sub-17 conquistou o Campeonato Goiano e mostrou que o Camaleão é forte também nas suas categorias de base. Em 2015, a Aparecidense disputou a final do Campeonato Goiano pela primeira vez em sua história, o que lhe rendeu a inédita participação na Copa do Brasil e o seu retorno à Série D do Brasileirão.