El club fue fundado el 14 de diciembre de 1952 por un grupo de trabajadores de la fábrica textil "Tipoití", propiedad del empresario Eduardo Seferian. El equipo se llamaba Empreza Deportiva Tipoiti pero como no se aceptaban nombres con firmas comerciales, fue bautizado con el nombre "Mandiyú" que significa 'Algodón' en guaraní. Tras convertirse en el conjunto más ganador de la Liga Correntina, en
1985 inició su experiencia profesional al formar parte de la flamante Primera B Nacional, la categoría que reemplazó a la Primera División B otorgando plazas efectivas a los campeones de las ligas provinciales (antes jugaban como invitados). Consiguió el 7º puesto y fue eliminado en cuartos de final de la Promoción por el Club Atlético Huracán. Sin embargo, en el torneo Nacional B 1987/88 se consagró campeón y ascendió a Primera División bajo la dirección técnica de Juan Manuel Guerra, un histórico entrenador del Ascenso, al igualar 0-0 como visitante ante su inmediato perseguidor, el Club Atlético Quilmes, en la anteúltima fecha. Entre sus figuras se encontraban algunos jugadores que poseían experiencia en campeonatos mundiales con sus respectivas selecciones, como Pedro Barrios (Uruguay), Adolfino Cañete (Paraguay), o José Horacio Basualdo, quien luego formaría parte de la Selección Argentina subcampeona en Italia '90. Gracias a este logro, el equipo correntino tuvo la posibilidad de aspirar a una plaza para participar en la Copa Libertadores 1988, a través de la llamada Liguilla Pre-Libertadores. Era una verdadera hazaña conseguir la clasificación, ya que el rival era nada menos que San Lorenzo de Almagro, subcampeón de Primera División. No obstante, Mandiyú tuvo un dignísimo papel y sólo cayó por ventaja deportiva, ya que igualó 1-1 en los dos cotejos disputados. Ese mismo año, San Lorenzo llegaría hasta una de las semifinales de la Libertadores.
