Klubu je bio zabranjen rad od 1936. do 1939.godine zbog djelovanja lijevo orijentiranih radničkih i seljačkih sindikata unutar kluba. U novije vrijeme klub je često nosio dodatne, sponzorske nazive, tako da se jedno vrijeme zvao Graničar-Patrick, kasnije Graničar Ellabo, a sada klub nosi originalno ime - "NK Graničar Kotoriba"
U bivšoj državi klub se natjecao u međupodsaveznoj ligi Zagreb od 1962.
do 1965., ligi zajednica općina Čakovec–Varaždin–Krapina 1978. do 1981., Zagrebačkoj nogometnoj regiji–sjever od 1987. koju osvaja 1989. godine i postiže svoj najveći uspjeh ulaskom u tadašnju "HNL" – sjever (3. stupanj natjecanja). U HNL-u klub prolazi različite stupnjeve natjecanja, a 1996. godine ulazi u finale Kupa Međimurja. 2011. godine klub osvaja Kup Međimurja u juniorskoj i kadetskoj konkurenciji, a seniori su opet zaustavljeni u finalu. Graničar se natjecao u 1. međimurskoj ligi nekoliko sezona, a u sezoni 2020./2021. osvojili su naslov prvaka!