Tadašnje rukovodstvo Kluba činili su Ilijas Mustafić (predsjednik) i Vejsil Cokoja (predsjednik Skupštine). Azem Boloban je imenovan na poziciju glavnog trenera i Hašim Habibija za njegovog pomoćnika.
2000. godine Klub je ugašen, ali ponovo biva pokrenut 2008. Klis je osvojio prvo mjesto u Kantonalnoj ligi NS HNK/Ž i plasirao se u Drugu ligu FBiH – Jug, gdje se i sada takmiči. godine FK Klis je
osvojio drugu titulu u klupskoj historiji. Trijumfom nad HNK Brotnjo u Čitluku (0:1) našem klubu pripao je trofej osvajača Kupa NS HNK/Ž za sezonu 2016/17. Titulom spomenutog takmičenja naš klub se okitio i u sezoni 2018/19., kada je u finalu u Buturović - Polju savladao HNK Neum (3:0), kao i dvije (sezona 2020/21.) i tri godine kasnije (sezona 2021/22-), kada smo u finalima savladali HNK Neum (3:1), odnosno HNK Čapljina (0:7). U sezoni 2018/19. ostvaren je i najveći uspjeh u dotadašnjoj klupskoj historiji - plasman u četvrtfinale Kupa Bosne i Hercegovine. O utakmici protiv sportskih prijatelja iz OFK Sloga Gornje Crnjelovo, koja se igrala na Gradskom stadionu u Konjicu 13. marta 2019. godine (srijeda), domaći i regionalni mediji napisali su desetine članaka i osvrta. Na kraju bajkovite sezone 2018/19. okitili smo se i titulom Druge lige FBiH - Jug, ali nismo prešli u viši rang, Prvu ligu FBiH, zbog nepostojanja juniorske ekipe. I baš kada je sportska javnost pomislila da je FK Klis ostvario svoj maksimum, zlatna generacija našeg kluba u sezoni 2020/21. napravila je historijski podvig - plasman u polufinale Kupa Bosne i Hercegovine, gdje je eliminisana u dvomeču protiv FK Borac Banja Luka. Na taj način smo postali prvi niželigaš u historiji koji je stigao do polufinala najmasovnijeg takmičenja u državi i ujedno ostvarili najveći uspjeh kolektivnog sporta Općine Konjic. Sadašnji predsjednik Kluba je Ahmo Miljević, generalni direktor Ekrem Terzić i sekretar Salem Delić. Funkciju šefa stručnog štaba obavlja Nedim Kudra, koji je vlasnik UEFA-ine B trenerske licence. Osim prve ekipe, Klub posjeduje četiri omladinske kategorije: Predpionire, pionire, kadete i juniore. Našu školu fudbala pohađa 70-ak mladih fudbalera i fudbalerki. Svoje utakmice igramo na stadionu “Seid Padalović” u Buturović – Polju, čiji je kapacitet oko 500 mjesta. Stadion je izgrađen 2007. godine, a ranije su utakmice igrane na Gradskom stadionu u Konjicu.
2021/22. - 1/16 finala Kupa Bosne i Hercegovine
2021/22. - osvajači Kupa NS HNK/Ž
2020/21. - viceprvaci Druge lige FBiH - Jug
2020/21. - polufinale Kupa Bosne i Hercegovine
2020/21. - osvajači Kupa NS HNK/Ž
2019/20. - viceprvaci Druge lige FBiH - Jug
2018/19. - prvaci Druge lige FBiH - Jug
2018/19. - četvrtfinale Kupa Bosne i Hercegovine
2018/19. - osvajači Kupa NS HNK/Ž
2017/18. - viceprvaci Druge lige FBiH - Jug
2016/17. - osvajači Kupa NS HNK/Ž
2010/11. - osvajači Kantonalne lige NS HNK/Ž
![[MATCH DAY 🟢⚪]⚽ FK Klis - HNK Višići;🕒 15:00 sati;🏆 Druga liga FBiH - Jug - 29. kolo;🏠 Stadion "Seid Padalović" (Buturov...](https://img4.gyms1.com/307/916/1424008153079165.jpg)
